战时的这两年，其实一直在思考是先打击英国还是先占领苏联的问题。虽倾向于按照历史进程于41年夏天发动对苏的战争，但依然担忧两线作战让德国最终又尝尽败绩。而且，如今的情况对全面打击英国很有利：德国海军与空军在英吉利海峡已经取得均势，为海狮计划渡海登陆英伦三岛提供了保障；南方集团军群的先头部队已经攻占苏伊士，埃及的英军岌岌可危；在吞并了伊拉克后，从波斯通往印度的道路只剩下阿富汗，和日本两线围攻印度的战略在德国方面已具备了可行条件。
然而，一件事情却让战争的天平彻底的翻转——日本在亚洲的全线败退。看了下东亚的局势，潮流完全逆转：日本突入缅甸的军队居然被桂系军阀打得七零八落，整个中国大陆的防线也被国军各点突破。而原本应该轻松占领的东南亚岛国，依然若无其事安全地留在荷兰、英国各个殖民者手中。所以，半年内根本不可能指望日军推进到印度，这样，若德军拖着长达10000多公里的补给线，并且冒着北方苏联的威胁，是无论如何也无法独立对抗在印度的英国集团军的。日本不仅没有完成既定的扩张战略，还要无脑地在41年12月7日促发珍珠港事件，逼迫美国对德意日宣战。所以，相比到时候攻打英国本土及各殖民地后徒增的海岸线及海上补给线防御需求，通过一场速决战击败苏联并获得几倍于英国领地的工业产值与资源，显然性价比更高。综上所述，希特勒的巴巴罗萨计划自然又一次被准时提上台面。
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既然定了大战略方向，就立刻开始着手研究具体的战役安排。和历史相比，这次苏德战役变得更复杂些。德国获取了固然的优势：提前完成了希腊战役，同时获得了土耳其和中东的大量资源；中央集团军群已经待命半年了，所有组织度都恢复极高；北方集团军群也在4月下旬陆续撤出北欧战场，及时部署在波兰和东普鲁士，有了基本的恢复和训练时间。但相比之下，也存在着历史上所未曾发生的棘手问题：第一，南方集团军群得精锐部队都受困在阿拉伯半岛战场上，虽然已经决定从西线司令部调配加组建成非洲集团军群来替换出伦德斯泰德的部队，但是这个时间却至少需要两个月。第二，因为打下土耳其，和苏联徒增了八个省的接壤，不得不抽出南方集团军群的第6（这个历史上在苏联南线被全歼的集团军，这次恐怕又要悲剧了），第17（没有满编）集团军，延土耳其河一带布防，防守北方苏联的南高加索方面军。一旦防守不住，虽然这两个集团军可以逐步退守伊斯坦堡，但这样在苏伊士和整个阿拉伯半岛的非洲集团军也必须放弃占领的土地一起退守，否则有被围歼的风险。所以，战役的复杂度与多边性很大。
综上两个不利因素，曾产生过想法，索性放弃南方集团军群参与苏联的正面战场。如果不使用南方集团军群参与苏联战役，那么整个德军的补给会得到改善，也可以提前战役发动的时间，为入冬前尽可能争取多的时间。然而，无论如何计算进攻路线和方案，都无法避免苏联正面战场越打越宽的特点，如果只投入北方和中央集团军群，部队会随着不断东进，南北间的距离越拉越分散。届时主力突击部会变成散点的装甲师。所以最终决定，还是三大集团军群共同推进正面战场。
为了尽快将南方集团军群的主力部队——包括一个装甲集群，一个满编集团军以及一个未满编的魏克斯集群调往苏德正面战场的罗马尼亚边境，对上述部队全部下达战略转移命令。虽然战略转移加快了部队的部署速度，但大量的物资消耗也将德国5000多的补给存量瞬间消耗到100警戒线以下。被迫立刻调整生产安排，所有工业产值全力生产补给，牺牲的是装甲部队的生产速度，本来可以在6月中旬完成的16个装甲师拖到了6月底。
也正是这个原因，加之刚从战场上撤离的南方集团军群缺乏足够的恢复和调整时间，最终不得不将既定的进攻时间推迟一个月！回顾历史德军6/22日进攻，结果败在了莫斯科的寒冬之中；如今7/22日的进攻，入冬前留给德军的进攻时间更少——注定会要失败了吗？
1941年7月22日1时0分，比原计划整整晚了一个月，德最高统帅部下令前线156个师发动对苏联的突然袭击。史诗般的被苏称之为“卫国战争”的战役，就此开始。
对苏作战的第一阶段。北方集团军群任务如下：对西奥利艾；里加和杰卡布皮尔斯 这两点分别形成内外两大包围圈。吃掉整个红军的西北方面军。第4装甲集团军5个装甲军集中优势兵力从斯鲁特和洛兹两第南北翼分别越过维斯瓦河出击，形成合围第18集团军保护北翼，第16集团军保护南翼。同时，北方集团军群还要注意保护中央集团军群深入敌后的左翼。
中路集团军群第一阶段的目标是合围明斯克及斯摩凌斯克。分两个实施节点，9月前首先形成明斯克包围圈。边境兵力对葛洛德罗和布列斯特要塞分别向心进攻。同时第二装甲集群、第三装甲集群从南北两个方向向明斯克发动钳形挺进，尽快形成合围。第2，第9集团军分别跟进保护合围明斯克方向的装甲军团的侧翼。由于第三集团军无需渡河作战，所以多依靠步坦协同，因此只投入了三个半装甲军的实力。剩余一个多装甲军留作预备役，有待后用。
南方集团军群第一阶段作战方案：进攻利沃夫，并沿河对在匈牙利边境的红军形成后方包围。前面提到的中央集群第三集团军的南翼留出一个军的兵力，南下配合南方集团军群完成这一目标。这是遭遇抵抗最为激烈的方向。若能突破利沃夫，沿河包围，那将歼灭整个苏联南方面军及西南方面军大部分。
南方集团军群两个留守在高加索方向的守军，果然是军力有限，随时有被包围的可能性。只能依靠弹性防御策略，通过部队轮换来顶住敌人进攻，并让多余部队发动扰动袭击，打乱敌军的进攻步骤。等8月中旬会有近6个装甲师新生，将尽快在南高加索方面进行支援。
在战争开始的两周，德军进展迅速。北方集团军群已完成了合围，装甲军逼近加里，整个红军西北方面军被全歼；并与中路集团军群的北翼产生了联系。另两路装甲军将在陶格夫皮尔斯古城形成新的包围。从而解除向列宁格勒挺进的南部威胁。德国第1航空大队的战术轰炸机在北线战斗中起了不可磨灭的作用，基本上在获得了制空权的同时大量轰击地面部队，造成装甲军突破过程中几乎没有遇到任何强有力阻碍。
中央集团军的进展也完全按照计划安排，完成对布列斯特要塞包围圈的歼灭，对白俄罗斯首都明斯克的外围包围圈也基本形成，第2装甲集群20个师延维斯瓦河北岸，第3装甲集群从明斯克南方巴拉诺维奇分别会师，苏联白俄罗斯方面军几乎被全部包围。接下来将依靠强大的第9，第4集团军步兵部队发起向心攻击，将包围圈缩小及歼灭。
入侵苏联3周后，整个德军向东推进500多公里，虽然局部战线尤其是南线推进较为缓慢，但大体战略意图基本实现：北部对里加的合围已经形成，并已几乎形成在拉托维亚及立陶宛边界的另一个各大的包围合围。中部明斯克合围圈正在不断地缩小，白俄罗斯全部纳入德军控制范围。此时，发现整个红军乌克兰方面军还非常强大，希望酝酿一个更伟大的进攻计划，来肃清东进的道路中的敌军。
这个伟大的计划，便是历史上的基辅包围战的缩影。将由中央集团军群的第三装甲集群与南方集团军群的第1装甲集群及第11集团军配合，在霍特和克莱斯特的指挥下，对整个苏联乌克兰方面军在基辅纵深方向形成合围。整个包围圈的跨度约为500-1000公里，如果顺利形成，计算将有60个师的苏军部队被德国包围，对红军的正面战场将致命打击。但是，也存在较大的风险，尤其克莱斯特装甲集群的侧翼将完全暴露在整个南方红军的攻击下，被切断的威胁极大。希望依靠德国装甲先锋学说所带来的极高组织度，来全力一搏。于是，41年8月11日，开始了整个战争期间最伟大的包围歼灭战——基辅会战。
为了配合基辅会战，牵制莫斯科方向的加里宁方面军及西方面军无法南下救援，间接保护第三装甲集群的安全，遂决定在明斯克包围圈还未完全扫荡完毕的情况下，装甲部队重新打开，提前发动斯摩凌斯克的钳形攻势。担任这次攻击主力的是之前完成明斯克合围的党卫军装甲军，德国最精锐的部队闪亮登场，配合第2装甲集群的所有部队，开始了对这一莫斯科前哨要害城市的全军突击。
由于部队质量上的巨大差异，一周后，党卫军装甲部队和坦2集就顺利在斯摩凌斯克会师，虽然侧翼还是相当薄弱，随时有被援军切断的风险，不过这一包围的行程也让近15万苏军被围困在明斯克到斯摩凌斯克一带，整个苏军的西南方面军将被全部被消灭。
基辅会战时整个操作中，自认为大的最漂亮的一战。12个装甲师开道，延着第聂伯河一路推进，并在第聂伯河与杰斯纳河的交界处，趁敌军未能来得及部署，提前渡河，直突基辅北方要塞切尔尼格夫。而由于前面提到的南翼，为了防护侧翼威胁，不敢推进很快，所有由强大的北翼装甲部队绕过基辅，继续南下。两周后，基辅城下西侧的攻坚战打响，攻占基辅，钳形攻势收口已势在必行。整个红军西南方面军-乌克兰方面军约50个师被歼灭或是包围。
至此，整个苏德战场，除了南线和高加索地区还面临着一定的威胁，其他战线的敌军前线主力锐气都已经被消减。战争朝着历史当年的方向发展下去。并且由于这次德国的装甲部队比例更多，突进的时间比历史更快。在9月中旬全军已经开始准备，向莫斯科、斯大林格勒与列宁格勒三大方向挺进。